ثقه الاسلام در تبريز با آثار طالبوف، مستشارالدوله و نشريات فارسي زبان كه در اسلامبول و كلكته منتشر مي شدند آشنا شد و به هواداران مشروطه خواهي پيوست و در زماني كه مشروطه خواهان تبريزي به تشويق كنسول انگليس، و در اعتراض به محمدعلي ميرزاي وليعهد در كنسولگري انگلستان تحصن كردند ثقه الاسلام از مخالفان اين تحصن بود و امور مربوط به متحصنين را در مسجد حل مي كرد.⁴ پس از تشكيل انجمن ايالتي تبريز با انجمن در ارتباط تنگاتنگ بود و در عين حال بر آن انتقاد نيز داشت. در يكي از ديدارهاي خود به اعضاي انجمن گفت: " به عقيده من گرويدن شما به امورات جزئيه اسباب تعطيل امور شما است و اين مردم وقتي انجمن را شناختند متصل دسته دسته رو به انجمن خواهند گذاشت و شما را از كار باز خواهند داشت، به عقيده من نبايد رسيدگي بر امورات جزئيه كنيد."⁵

انجمن تبريز به اندرزهاي ثقه الاسلام گوش فرانداد و در پي كسب قدرت در امور بسياري مداخله مي كرد. اقتدار اين انجمن روز به روز در حال افزايش بود و در بسياري از موارد ثقه الاسلام با سياستهاي آن همراه نبود و با آنان درگير مي شد. در نامه اي از وي به اين موضوع مي توان پي برد : " در تبريز هنگامه غريبي است، حد مي زنند و تعزير مي كنند، قيامت است و آشوب در تمام ذرات عالم است... اعضاء انجمن از انجمن كناره گرفته است، عجالتاً مردم چند فرقه شده اند تا عاقبت چه شود تمام كارها معوق و حواس من پريشان ..." ⁶

ثقه الاسلام در عين حال از مخالفان برهم خوردن انجمن بود و به اصلاح آن نظر داشت. در دوره حكومت مخبرالسلطنه بر آذربايجان بين حاكم و انجمن نقش ميانجي داشت و زماني كه علي رغم ميل انجمن عين الدوله به حكومت آذربايجان منصوب شد با وي ملاقات كرد و سعي كرد تا بين انجمن و حاكم جديد باب گفت وگو را باز كند كه موفق نشد، عين الدوله تبريز را ترك كرد و اختيار شهر به دست انجمن افتاد و شهر نيز در محاصره قواي دولتي؛ حتي راهي براي رساندن آذوقه به شهر باز نبود. حضور قواي اجنبي روس در نزديكي تبريز بر هراس ثقه الاسلام مي افزود و براي حل مسئله به باسمنج رفت تا با عين الدوله گفت وگو كند و براي شاه نيز تلگراف زد.

قرار بر آن شد تا عين الدوله به تبريز بازگردد، محاصره شهر برچيده شود اما نه انجمن تن به خواسته شاه كه حكومت عين الدوله بود مي داد و نه شاه حاضر به واگذاري حكومت به ديگري بود. اين اختلاف پاي قواي روس را به منظور حفظ جان اتباعشان در اين هنگامه در ربيع الثاني 1327 به تبريز باز كرد. با خلع محمدعلي شاه بار ديگر مخبرالسلطنه به حكومت آذربايجان منصوب شد و او كه به دنبال حمايت ثقه الاسلام بود از وي خواست تا با دموكراتها كه سياستي تند در پيش داشتند همراه شوند اما ثقه الاسلام از همكاري با دموكراتها سر باز زد و در نتيجه آنان نيز رجب سرابي را مامور ترور وي كردند كه به نتيجه نرسيد. ⁷

ثقه الاسلام با مكتوبات خود مراجع بزرگ را به عتبات عاليات در جريان تمام تحولات آذربايجان قرار مي داد و براي خروج قواي بيگانه روس از خاك آذربايجان تلاش بسيار مي كرد. روسها نيز با وي سر سازگاري نداشتند. در گيرودار حضور قواي روس، در جمادي الاخر 1328 به بهانه پناهندگي يكي از سالداتهاي روس، منزل ثقه الاسلام به محاصره قواي قزاق درآمد و خواهان تفتيش خانه اش شدند اما ثقه الاسلام اين اجازه را نداد و در نهايت با دست خالي از خانه وي بازگشتند. ثقه الاسلام شكايت به نيكلا امپراتور روس برد و كنسولگري روس مجبور به عذرخواهي از وي شد،⁸ اما قشون روس قصد خروج از آذربايجان را نداشت و ثقه الاسلام به هر نوع كه مي توانست انزجار خود را از حضور قواي بيگانه اعلام مي كرد. او به همين منظور، در روزنامه محلي تبريز به مناسبت آغاز سال نو باستاني مقاله اي منتشر كرد و در آن با صراحت نوشت : " چون قشون بيگانه در خانه داريم لذا عيدي براي ما نخواهد بود و از مردم خواستار مي شود كه به ديد و بازديد نروند، شيريني نخورند... زيرا كه ملت عزادار است ." ⁹

در سال 1329 ماجراي داستان اولتيماتوم روسيه به ايران در مورد مورگان شوستر امريكايي، مستشار مالي پيش آمد كه خواهان اخراج او از ايران بودند. اين اولتيماتوم منجر به تعطيلي مجلس دوم و اخراج شوستر شد. در اين اوقات كفالت حكومت بر عهده ضياءالدوله بود و تبريز در محاصره شجاع الدوله و در شهر آذوقه نبود. مجاهدان مسلح و سالداتهاي روس در شهر فراوان و به دنبال بهانه براي درگيري روسها خواهان خلع سلاح مجاهدان بودند و به همين منظور به ضياءالدوله فشار مي آوردند تا اين دستور را صادر كند اما ضياءالدوله چندان تمايلي بر اين امر نداشت. درگيري بين اين قوا در شهر آغاز شد اميرحشمت نيساري كه رياست نظميه را برعهده داشت از ثقه الاسلام چاره جويي كرد و ثقه الاسلام كه هميشه به دنبال راهي براي گفت وگو بود اين دخالت مستقيم قواي اجنبي را تاب نياورد و خطاب به اميرحشمت گفت " عليكن بالدفاع يعني بر شما باد دفاع كردن. "¹⁰

حال ديگر ميدان جنگ بود و مجاهدان در برابر قواي متخاصم روس بي هيچ حمايتي از تهران. در آغاز نيروهاي اميرحشمت بر روسها غلبه يافتند و جنگ به سختي در محلات تبريز جاري بود تا آنكه در نشستي كنسول روس و كنسول انگليس و فرانسه در مقابل ضياءالدوله و ثقه الاسلام به مذاكره نشستند. در اين مذاكره قرار بر اين شد كه مجاهدان و افراد اميرحشمت خلع سلاح و از شهر خارج شوند تا جنگ پايان يابد اما روسها خدعه كردند و نيروهاي تازه نفس خود را به شهر بي دفاع وارد كردند. ثقه الاسلام براي مذاكره با كنسول روس به كنسولگري رفت، شهر زير باران آتش بود. مذاكره با كنسول روس نتيجه اي نداشت و ثقه الاسلام از همه ياران و نيروهاي مجاهد خواست تا شهر را ترك كنند و چون از او پرسيدند " پس شما چه مي كنيد؟ پاسخ داد من كار خود را به خدا مي سپارم؛ افوض امري الي الله." ¹¹ او تنها در ميان دشمنان بيگانه به انتظار بود، شهر را قواي روس در اختيار داشتند، تا اينكه در روز تاسوعا، ثقه الاسلام از خانه خود خارج شده بود كه در ميان راه توسط صاحب منصبان روس دستگير شد و او را به بهانه آنكه در كنسولگري جلسه اي برپا است به كنسولگري بردند. كنسول روس در اين ديدار از او خواست تا استشهاد دهد كه قواي روس در اين بلوا سهمي نداشته و گناه بر گردن مجاهدان بوده است اما ثقه الاسلام از پذيرش اين تقاضا سرباز زد و براي آنكه مبادا از مُهرش استفاده شود مهر عقيق خود را زير پاي گذشت و شكست. ¹² در اين ميان ميلر كنسول انگليس نيز حضور داشت و او نيز به اين كار اصرار داشت و مي خواست تا ثقه الاسلام حقانيت روسها را در اين نبرد تاييد كند اما باز هم جواب منفي شنيد. او براي راضي كردن ثقه الاسلام منشي ايراني كنسولگري را به مذاكره با ثقه الاسلام دعوت كرد منشي سفارت به ثقه الاسلام هشدار داد كه در صورت  امضا نكردن اين گواهي اعدام خواهد شد. پاسخ شنيد : " ميرزا علي اكبرخان تو كه مسلمان و ايراني هستي چگونه مي خواهي من سندي امضاء كنم كه دشمنان اسلام را براي كشور خود مسلط سازم." ¹³

هيچ راهي براي به راه آوردن ثقه الاسلام وجود نداشت. به او بسيار بي احترامي كردند و با اهانت بسيار او را به دادگاه باغ شمال بردند، در صبح عاشوراي 1330ق در دادگاهي كه قاضي آن روس بود محاكمه و به اعدام محكوم شد. ثقه الاسلام خطاب به ياران محكوم ديگرش گفت: " ... براي حيات دنيا خود را در مقابل دشمن حقير و مخوف نشان ندهيد و هيچ وقت واقعه كربلا را فراموش نكنيد كه خانواده رسالت آن مصائب فوق طاقت را با چه متانت و بردباري استقبال نموده و به تمام شدايد متحمل شدند... اگر سرگذشت آل علي را در شب عاشورا درنظر گرفته باشيد آن وقت به اين اندازه مضطرب و متوحش نخواهيد شد. امشب شب عاشورا است، ما هم بايد در چنين شب به تمام شدايد و مضايق صبر و افتخار بكنيم كه اين همه شكنجه و آزار كه به ما مي رسد در راه حب وطن و در راه ملت اسلام است." ¹⁴

سرانجام ثقه الاسلام به همراه هفت تن ديگر در عصر عاشورا در ميدان مشق به دست جلادان روس اعدام شد. او قبل از شهادت دو ركعت نماز به جا آورد و خطاب به شيخ سليم گفت: " چه سعادتي بالاتر از اينكه در اين ايام به فيض شهادت نايل مي شويم و همه با شهيدان كربلا محشور خواهيم شد. "¹⁵