پس از ترور عبدالحسين هژير به دست فدائيان اسلام، در سال 1327 مجتبي نواب صفوي ” مجمع مسلمانان مجاهد“ را تشكيل داد و شمس قنات‏آبادي اولين رئيس آن مجمع بود.

       هدف از تشكيل مجمع مزبور پيگيري منظم و آرام فعاليتهاي فدائيان اسلام بود. ” مجمع مسلمانان مجاهد“ وابسته به قنات‏آبادي متشكل از افرادي از اصناف بود كه تا تير ماه 1331 در كنار نهضت ملي و جبهه ملي بود ولي پس از آن و جدايي مصدق از آيت‏الله كاشاني به مبارزه با مصدق پرداخت كه رهبر آن يعني شمس قنات‏آبادي خود يكي از عوامل جدايي آن دو رهبر سياسي و مذهبي بود. از اوايل سال 1331 با شروع اختلافات، جناح راست جبهه ملي يعني مظفر بقايي، حسين مكي، حائري‏زاده، و دربار شامل جمال امامي، سيدمهدي ميراشرافي، شمس قنات‏آبادي و بهادري با استفاده از كرسي نمايندگي مجلس در برابر دكتر مصدق موضع گرفتند. در انتخابات هيئت رئيسه مجلس شوراي ملي، آيت‏الله كاشاني را به رياست مجلس انتخاب كردند تا از نفوذ وي براي مقابله با دكتر مصدق كه به درخواستهاي آنها بي‏اعتنا بود، استفاده كنند.

      قنات‏آبادي در انتخابات دوره هفدهم مجلس شوراي ملي كانديداي شهر شاهرود گرديد و اولين نفري بود كه به مجلس راه يافت. در تاريخ 31 مرداد 1332 يعني سه روز پس از كودتاي 28 مرداد كه منجر به سقوط دولت دكتر مصدق گرديد، قنات‏آبادي به اتفاق بقائي و حائري‏زاده با فضل‏الله زاهدي ملاقات كرد و تا مدتي در جلسات مشاوره با نخست‏وزير كودتا شركت داشت.

       پس از سقوط دكتر مصدق، با حمايت زاهدي در دوره هجدهم مجلس به نمايندگي شاهرود انتخاب شد. در همان دوره با سخنرانيهاي تند موقعيت خود را حفظ كرد. در دوره نوزدهم هم با پذيرش شرط دربار (حسين علا و اسدالله علم) كه خارج شدن از كسوت روحانيت بود به نمايندگي خوار و ايوانكي ورامين انتخاب شد. رژيم پهلوي اين عمل وي را ستود و به مناسبت تغيير لباس، حسين علا نخست‏وزير وقت براي وي كت و شلوار هديه فرستاد.

      پس از انقضاي دوره نوزدهم ديگر به مجلس راه نيافت و از سال 1335 وارد كار تجارت شد و به تدريج با مهدي ميراشرافي سرمايه‏دار معروف و از وابستگان انگلستان آشنا شد و دوستي محكمي بين اين دو به وجود آمد، به طوري كه به توصيه ميراشرافي از طرف سپهبد عزيزي استاندار خراسان به قائم‏مقامي نايب‏التوليه منصوب شد ولي بين او و عزيزي سازشي به وجود نيامد و جدا شدند. قنات‏آبادي در سال 1325 مدير روزنامه آتش بود كه صاحب امتيازش ميراشرافي بود. همچنين مدتي مدير هفته‏نامه دموكراسي اسلامي، ارگان مجمع مسلمانان مجاهد بود كه صاحب‏امتيازي آن با رضا عبدالمجيدي بود.

      شمس قنات‏آبادي از ابتداي دهه 1340 تا زمان مرگش در سال 1367 به كارهاي تجاري مشغول بود.

ــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــ